Después de no lograr la clasificación a la UEFA Euro 2020 por medio del grupo, al seleccionado todavía le queda la chance del repechaje. En esta nota, el resumen de las eliminatorias a la Eurocopa y los cambios que hubo después de esta.
El seleccionado de Bosnia y Herzegovina compartió su grupo de clasificación a la Eurocopa 2020 con Italia, Grecia, Finlandia, Armenia y Liechtenstein. Ya en el comienzo de la eliminatoria tuvo que sufrir para sumar su primer triunfo, en ese 2 a 1 contra Armenia de local, con goles de Krunic y Milosevic, en el que casi se queda con las manos vacías. En esa misma semana, se igualo con Grecia en un partido que ya es clásico de ver en las eliminatorias Europeas por 2 a 2. Tras un gran comienzo con goles de Visca y Pjanic en 15 minutos, sobre el final el equipo se descuido y lo pago caro, Grecia llego al empate y pudo haberlo ganado en el final. En el balance de los 2 primeros partidos, se habían conseguido 4 puntos de 6 pero el equipo no inspiraba confianza.
La siguiente doble fecha, disputada en junio de 2019, tenía 2 paradas muy complicadas: Finlandia e Italia. En el primer partido el equipo sucumbió en pocos minutos y se llevo una dura derrota que lo dejaría condicionado en la clasificatoria. Contra el rival mas fuerte del grupo el encuentro comenzaba bien, con un gol de Edin Dzeko, pero en el final el equipo se desmoronó y otra vez lo pago caro, esta vez faltando 4 minutos para el cierre del partido. Ya habían pasado los primeros 4 partidos y la selección necesitaría un milagro para clasificar.
Unos meses después, en septiembre, llego una doble fecha en la que, se pensaba, se podía llegar a sumar y recuperar lo perdido en las pasadas jornadas. Una goleada en Zenica ante Liechtenstein por 5 a 0 calmaba un poco los ánimos pero dejaba cierto grado de preocupación, dado que, hasta los 80 minutos, el partido estaba 1-0. Ese día los goles fueron marcados por Dzeko, Visca, Mallin en contra y Amer Gojak en 2 oportunidades. Ante Armenia, en Yerevan, el equipo recibiría un duro golpe al caer por 4 a 2, en el que anotaron Dzeko y Gojak. Otra doble fecha para el olvido y ya la posible clasificación por medio del grupo era una utopía.
En octubre Bosnia recibió a Finlandia, quien ya se perfilaba como el segundo clasificado del grupo, solo por detrás de Italia. Con goles de Hajrovic, Hodzic y Pjanic por doble, la selección goleaba 4 a 1 y agregaba algo de suspenso a la definición. Después de la goleada tocaba viajar a Grecia, un destino siempre complicado para Bosnia, en el que otra vez se perdió el partido sobre el final, con un 1-2 que mataba toda posible ilusión. El gol lo marcaría Amer Gojak, quien fue la gran figura del equipo durante la eliminatoria.
En noviembre quedaba todavía recibir a Italia y viajar a Vaduz. Ante Italia se cayó 3-0, en un partido muy complicado en el que los punteros pegaron rápido. Ante Liechtenstein toco cerrar el grupo en una victoria 3 a 0 con goles de Civic y doblete de Hodzic.
Al finalizar esta eliminatoria, en la que se sumaron 13 unidades en 10 partidos, producto de 4 victorias, un empate y 5 derrotas, Robert Prosinecki dejo su cargo. Recordando que Bosnia gano su grupo en la UEFA Nations League, todavía quedaría una chance más para participar de la Eurocopa.
El nuevo DT fue anunciado el 21 de diciembre de 2019, y fue elegido Dusan Bajevic para el cargo. Bajevic debió haber debutado en marzo ante Irlanda del Norte por las semifinales del repechaje, pero dada la pandemia mundial de Coronavirus, el encuentro se pospuso con fecha indefinida.